1. 肛裂、瘻管等痔瘻疾病引起
因為硬便、腹瀉等造成肛裂，也是常見的肛門搔癢原因。肛門瘻管常帶來的是單點壓痛感，偶爾伴隨著搔癢感，這樣的痛感有時還會跟隨著局部擠壓有膿液、血水等。瘻管是慢性感染症狀，沒有手術介入很難痊癒，有相關症狀時，建議及時求助痔瘡專業醫師。
2. 飲食引起
抽菸、酒精、辛辣食物，或是牛奶、海鮮等過敏源，都可能是引起肛門搔癢的原因。如果攝入以上這些食物容易引起你腹瀉，腹瀉時對肛門的反覆擦傷和食物殘渣對肛門的刺激，也可能引起搔癢。
3. 藥物引起
不管是外用或內服抗生素，都可能因為改變肛門周邊的菌種平衡，而引起搔癢症狀。
4. 感染相關
黴菌、細菌、病毒、寄生蟲感染，也可能造成肛門搔癢。過長的肛門周邊毛髮，因為帶著糞便殘渣和各種菌落造成肛門口刺激，可能造成肛門搔癢；但除毛過度的肛門，也可能因為少了毛髮屏障、過度摩擦受傷而搔癢。所以，私密處除毛與否沒有絕對，也請依個別體質、與專業醫護人員討論。
5. 對接觸物質過敏
當天氣漸漸變的濕熱，如果穿著貼身不透氣的衣物，就可能因為汗水反覆刺激而引起肛門濕疹、肛門搔癢。有時，更換內褲廠牌時，對內衣褲染劑過敏，也可能引起搔癢。在清洗肛門處時，建議用清水洗就好，任何洗劑都可能造成刺激和過度清潔，但如果你是在更換新的肥皂或沐浴乳後，開始有肛門搔癢的症狀，就要小心留意是否對新的洗劑有過敏症狀。
6. 慢性疾病，如慢性肝病、肝硬化、尿毒症、或糖尿病。
這部分需要做進一步檢查來排除，如果你有慢性病家族史，邁入中年時，奇異的肛門搔癢症狀，可能是健康警訊，請不要忽略它。另外，如果有過敏性鼻炎、異位性皮膚炎、氣喘的病人，也可能因為易過敏體質而在季節變換或壓力大時，受肛門搔癢困擾。
